اگرچه الکل صنعتی بیدستان یک ضدعفونی کننده شیمیایی است و فرمالدئید یک ضدعفونی کننده سطح بالا است، اما استفاده از فرمالدئید در مراقبت های بهداشتی به دلیل بخارات تحریک کننده و بوی تند آن حتی در سطوح بسیار کم (<1 ppm) محدود شده است.
به این دلایل و دلایل دیگر مانند نقش آن به عنوان یک سرطان زای مشکوک انسانی مرتبط با سرطان بینی و سرطان ریه 578 این میکروب کش از جدول 1 مستثنی شده است.
هنگامی که از آن استفاده می شود، تماس مستقیم با کارکنان به طور کلی محدود می شود. با این حال، مواجهه بیش از حد با فرمالدئید برای کارکنان واحدهای پیوند کلیه 574، 579 ، و دانش‌آموزان در یک آزمایشگاه آناتومی ناخالص 580 ثبت شده است.
فرمالدئید در محیط مراقبت های بهداشتی برای تهیه واکسن های ویروسی (به عنوان مثال، ویروس فلج اطفال و آنفولانزا) استفاده می شود.
به عنوان یک عامل مومیایی کردن و برای حفظ نمونه های آناتومیک و از نظر تاریخی برای استریل کردن ابزار جراحی به ویژه هنگامی که با اتانول مخلوط می شود استفاده می شده است.
یک بررسی در سال 1997 نشان داد که فرمالدئید برای پردازش مجدد همودیالیزورها توسط 34٪ از مراکز همودیالیز ایالات متحده استفاده شده است کاهش 60٪ نسبت.
اگر در دمای اتاق استفاده شود، غلظت 4٪ با حداقل قرار گرفتن در معرض 24 ساعت برای ضد عفونی کردن همودیالیزورهای یکبار مصرف مورد استفاده مجدد در همان بیمار 582، 583 مورد نیاز است.
محلول های آبی فرمالدئید (1% تا 2%) نیز برای ضدعفونی مسیرهای مایع داخلی دستگاه های دیالیز استفاده شده است .. برای به حداقل رساندن خطرات بالقوه سلامتی برای بیماران دیالیزی، تجهیزات دیالیز باید قبل از استفاده کاملاً شسته و از نظر فرمالدئید باقیمانده آزمایش شوند.
پارافورمالدئید، پلیمر جامد فرمالدئید، می‌تواند با گرما تبخیر شود تا آلودگی گازی کابینت‌های ایمنی بیولوژیکی جریان آرام را در زمانی که کار تعمیر و نگهداری یا تعویض فیلتر نیاز به دسترسی به بخش مهر و موم شده کابینت دارد، تبخیر شود.
